Pondok pesantren ini diresmikan pada tanggal 4 Sya’ban 1414 H/ 16 Januari 1944 M, oleh para Alim Ulama, diantaranya adalah mantan presiden RI ke 4 Bapak KH. Abdurrahman Wahid, KH. Syamsuri Badawi dan KH. Zayadi Muhajir serta beberapa tokoh masyarakat disekitar Kecamatan Pulo Gadung Jakarta Timur.
Pondok Pesantren ini dibawah naungan Yayasan Al-Kenaniyah merupakan yayasan yang bergerak di bidang pendidikan dan dakwah islamiyah.
Bermula Yayasan ini mendirikan Madrasah Ibtidaiyah yang bernama Al-Khairat pada tahun 1977 M, dan pada tahun berikutnya tepatnya tanggal 27 Januari 1981 melakukan pengembangan dengan ditandai dibukanya tingkat menengah pertama atau Madrasah Tsanawiyah dan Taman Kanak-Kanak.
Setelah berjalan kurang lebih enam tahun lamanya, pada tanggal 26 Juli 1984, didirikanlah sebuah Yayasan Al-Kenaniyah sekaligus melakukan perubahan nama Yayasan, yang semula Madrasah itu bernama Al-Khairat menjadi Madrasah Al-Kenaniyah, karena berada dalam naungan Yayasan Al-Kenaniyah, sekaligus untuk mengenang jasa dan perjuangan kakek tercinta Al Marhum H.Kenan , perkembangan sejak berdirinya sampai sekarang mengalami banyak perkembangan dan kemajuan.
Pada awal mulanya santri Al-Kenaniyah hanyalah dari anak-anak para penduduk disekitarnya sekitar 6 santri. Namun pada tahun 1996 jumlah santri bertambah menjadi 8 orang santri. kemudian pada tahun berikunya menjadi 50 santri.
Pada tahun 2000 santrinya berjumlah 90 santri dan kini tahun 2007 jumlah santri telah mencapai kurang lebih 120 santri, Pesantren ini tidak memprioritaskan kwantitas
tetapi lebih menekankan pada kualitas santri yang dapat membaca persoalan umat dimasa yang akan datang.
Pondok pesantren putri ini secara financial sangat mandiri, hal ini terlihat dari segi bentuk sarana dan prasarana yang didanai sendiri oleh usaha pesantren, jadi untuk membangun sarana dan prasarana tidak ada masalah, Sedangkan untuk rencana pengembangan berikutnya akan dibangun pesantren putra yang letaknya disekitar daerah Jawa Barat.
Perkembangan pesantren ini menunjukkan laju pertumbuhan yang sangat cepat sekali, hal ini dapat dilihat dari animo masyarakat sekitar Ibu Kota untuk memasukkan putrinya dari berbagai lapisan masyarakat ke Pondok Pesantren.
Pesantren Al-Kenaniyah berupaya membantu masyarakat ekonomi lemah dan anak yatim untuk dapat menikmati dunia pendidikan khususnya pendidikan agama, disektor lain perkembangan pesantren juga tampak pada system penataan pendidikan, adminitrasi, manajemen, dll.
Teman-teman alumni silahkan dilengkapi bila ada kekurangan yah.